一句话概括鼬的一生第3部分,鼬神非常喜欢弟弟佐助，所以在灭族的时候，始终对弟弟下不了手，与木叶高层做了协议，保护佐助的安全，在后来解除秽土转生时对佐助说“无论你今后的路怎么走，我都一直深爱着你”。

宇智波鼬在加入晓组织后，先与雾隐村的叛忍，即为忍刀七人众之一的枇杷十藏组成了搭档，在一次任务中被四代水影矢仓追击，十藏为了保护鼬而死。后来有一段时间鼬自己执行任务，被当时还在晓组织的大蛇丸盯上欲夺其身体，但鼬神就是鼬神，大蛇丸最终还是不敌鼬的幻术而落败，发生的这些事迫使大蛇丸叛离了晓组织。再之后与小南、角都一起参与了对飞段的劝说，并且与同样来自雾隐村的叛忍，同为忍刀七人众之一的无尾尾兽干柿鬼鲛组成搭档。
在与鬼鲛组成搭档后，执行的第一个任务就是劝说迪达拉加入晓组织，并与把爆炸奉为艺术的迪达拉展开了一对一的战斗，使用幻术制服了迪达拉，也使迪达拉对写轮眼非常愤恨。在风影我爱罗被抓在抽走一尾时为了拖延时间，鼬使用一个忍术，只包含三成力量的替身与卡卡西，漩涡鸣人等人再次交战，替身被鸣人等人击败。后来与鸣人相遇就是在鸣人在追踪佐助的途中。
当他看到鸣人带回佐助的决心，决定将带回佐助这件事全权交给鸣人，同时将带有止水左眼（眼内含有别天神这一超级幻术）的乌鸦放入了鸣人体内，他策划着一切，打算一旦佐助杀死自己后，万一企图对木叶进行报复，这时必会与鸣人进行交战，若想要战胜鸣人，也为了免去万花筒失明的风险，他一定会移植自己的万花筒写轮眼，到那个时候乌鸦就会对佐助施展别天神·守护木叶，强行改变佐助的意志。